Sí, por defecto Freshdesk generará un certificado SSL para la URL predeterminada ("tucompañia.freshdesk.com").
Si elegimos la opción de personalizar la URL, podremos generar el certificado SSL una vez hayamos copiado el CNAME en el DNS de nuestro dominio para verificar la URL.
Si necesitas ayuda adicional, no dudes en acudir a nuestro centro de soporte.